Molti illustri naturalisti si sono dedicati allo studio della vita che prospera sull'isola e nel mare circostante; tra questi ricordiamo oltre ai grandi Plinio e Eimer, il prof. Oronzo Gabriele Costa e suo figlio Achille. Il Prof. Costa, che fu il primo professore all'Università di Napoli, è noto per la sua Fauna del Regno di Napoli e per aver coordinato nel 1840 un lavoro multidisciplinare dal titolo Statistica fisica ed economica dell'isola di Capri.
Capri, molti anni fa, era abitata da innumerevoli specie animali tra cui: volpi, iene, orsi, cinghiali, cervi, daini, elefanti e da altri più piccoli come il topo domestico (Mus musculus) ed il Surmolotto (Rattus norvegicus) o il topo Selvatico (Apodemus sylvaticus). Tra i rapaci vi sono il Gheppio, il Falco pellegrino, tutt'oggi le coppie esistenti sono il falco di Tiberio, di Capodimonte, di Marmolata, di Tuoro, di Abbasso Artimo, mentre tra quelli notturni vi sono stabilmente l'Assaiolo, la Civetta e il Barbagianni; di passo l'Allocco e il Gufo comune. In tutto l'anno è presente a Capri il Gabbiano reale (Larus argentatus), che di norma nidifica sulla sommità dei Faraglioni, sulle rupi di Marmolata e di Punta Chiavica.
 Per proteggere questi animali lo svedese Axel Munthe ottenne nel 1940 il divieto della caccia agli uccelli di passo sull'isola, a lui fu dedicato un osservatorio ornitologico nella sua tenuta in località Capodimonte di Anacapri dallo Sveriges Ornitologiska Forening di Stoccolma.

Il ruolo di star della fauna isolana è occupato dalla Lucertola dei Faraglioni ovvero la Podarcis sicula coerulea, già Lacerta coerulea faraglionensis. Questa lucertola che comunemente si incontra sull'isola, soprattutto sui Faraglioni di Fuori o Scopolo, ha le squame della zona dorsale di colore blu oltremare, anziché verde, e quelle della zona ventrale di colore azzurro con riflessi metallici, invece che verde chiaro.
Sull'origine di questo particolare colore si è molto discusso: alcuni ritengono che la colorazione avvenga per cianosi, altri giustificano la particolarità ad una sorta di adattamento naturale: infatti, in ambienti con carenza di cibo, le lucertole scure riescono ad avere maggior calore dall'esterno e quindi ad essere più attive e a cacciare meglio. Uno dei primi a rendersi conto di questa meraviglia della natura fu il medico - naturalista Ignazio Cerio, che rese nota la scoperta nel 1870. 
Un ruolo di primaria importanza nella fauna caprese è occupato, senza ombra di dubbio, dagli uccelli.